В истории Крыма VI в. прошел под знаком укрепления и дальнейшего распространения Византийского влияния на полуострове. Пожалуй, никогда имперская власть не распространялась так далеко вглубь полуострова и не была такой сильной, как в рассматриваемый период. Особенно эта тенденция проявилась в период правления императора Юстиниана I (527-565). Ярким свидетельством деятельности администрации Юстиниана I в Крыму служат сведения византийского историка Прокопия Кесарийского, содержащиеся в его трактате "О постройках".
Прокопий пишет, что Юстиниан вернул под власть империи город Боспор (совр. Керчь), укрепив и восстановив его оборонительную систему. Причем для укрепления имперской власти, на Боспоре был размещен гарнизон, состоящий из готов - федератов (союзников) Византии. Одновременно византийская власть распространилась и на земли на восточной стороне Керченского пролива.

Боспор в эпоху Юстиниана становится крупным морским портом, а Керченский пролив - оживленной морской артерией. Важную роль в экономике города играло рыболовство, также были распространены другие промыслы и ремесла.
Религиозным центром Боспора стала базилика, располагавшаяся на месте современного храма Иоанна Предтечи. Рядом с ней соорудили крещальню. Подобные храмы появились и на ряде других поселений бывшего Боспорского царства, функционировавшие в VI в.
Другой крупный город - Херсон, при Юстиниане I становится форпостом империи на полуострове. В этот период были восстановлены или реконструированы все важнейшие объекты оборонительной системы города. Экономика Херсона находилась на подъеме. Здесь процветало производство строительных материалов, кораблестроение, гончарное ремесло, сельское хозяйство, торговля. Город управлялся викарием - начальником византийского гарнизона, назначаемого из Константинополя, а в период правления преемника Юстиниана I - Юстиниана II (545-578) здесь разместился дука - командир всех византийских войск в Крыму.
Уже с V в. Херсон становится центром христианства, через который православие распространялось и на горную Таврику. В период правления Юстиниана I и его ближайших преемников, в городе был возведен ряд крупных храмов-базилик.

При Юстиниане I под властью Византии находился и Южный берег Крыма. Из сочинения Прокопия мы знаем, что здесь были сооружены две крепости: Алустон и "в Горзубитах", вероятно на территории современных Алушты и Гурзуфа. Появление византийских оборонительных укреплений на южном берегу полуострова означало, с одной стороны, что Империей полностью контролировался морской путь из Херсона в Боспор, а с другой стороны, что все побережье Крыма находилось под надзором Империи. Очевидно, с появлением упомянутых крепостей была воссоздана римская система контроля за крымским побережьем и каботажным плаванием.

Из сочинения Прокопия мы также узнаем о сооружении Юстинианом так называемых "длинных стен" для защиты страны Дори. Где находилась эта загадочная страна - вопрос дискуссионный. Учеными высказывались различные версии локализации как Дори, так и "длинных стен". Страну помещали на Южном берегу Крыма, в Юго-западном Крыму, на плато горы Мангуп, в долине реки Черной, в районе современного Инкермана. С длинными стенами, соответственно, ассоциировали остатки каменных стен на перевалах Главной гряды или "пещерные города". В настоящий момент большинство ученых склоняются к мысли, что страна Дори - это территория, которая впоследствии стала называться Готией или Климатами, то есть горный Юго-западный Крым, а "длинные стены" - оборонительные сооружения, перекрывавшие наиболее легкодоступные ущелья Юго-западной Таврики и препятствовавшие проникновению крупных военных отрядов кочевников из степей вглубь Дори и к Херсону. Одна из таких длинных стен была выявлена в первой половине 1980-х гг. в ходе археологических работ, проводившихся в балке Каралез около Мангупа.

Однако были ли "длинные стены" надежным укреплением? Учитывая обстановку того времени, когда политическая ситуация в Крыму была относительно стабильной, и набеги кочевников, по всей видимости, не представляли акции, направленной на завоевание земель, "длинные стены" были вполне приемлемым укреплением. Но при целенаправленном наступлении противника, стоило ему прорвать такую линейную оборону в одном месте, как она теряла свое значение. Поэтому, с изменением политической обстановки, с конца VI в., византийские наместники совершенствовали систему защиты своих владений на полуострове.
Это время характеризуется периодом упадка Империи. Огромные финансовые затруднения, военные неудачи выразились в потере практически всего, что было завоевано при Юстиниане I, усилился нажим на границы.

Не обошел стороной этот процесс и Крым. На территорию полуострова вторгаются военные отряды тюрок. В 576 г. тюрки разграбили Боспор, а в 581 г. оказались у стен Херсона, но взять город не смогли. В том же году, после смерти тюркского кагана Арсилы, их государство распалось, и тюрки были вынуждены уйти из Крыма.
От вторжений тюрок пострадали в основном Боспор и его округа. В Юго-западном Крыму разрушений, связанных с их походом не выявлено.
Появление новой грозной опасности поставило византийские власти перед необходимостью модернизации системы обороны в Крыму, особенно важно было обезопасить Херсон. При Юстиниане II в городе сооружается еще одна оборонительная стена или башня. Но этого было явно недостаточно. Нужно было укрепить и оборону страны Дори. В конце правления Юстиниана I (по мнению А. Г. Герцена), начинается сооружение крепости в столице Дори - Доросе (на плато горы Мангуп). Вскоре после этого, Византия продолжает осваивать дальнюю округу Херсона путем строительства опорных пунктов. Пик этого строительства, вероятно, приходится на правление императора Маврикия (582-602), когда стало возможным, освободившись от персидской опасности, обратить внимание на западные и северные регионы. О деятельности Маврикия в Крыму известно из надписи 590 г., найденной на Боспоре. Согласно ей, византийскими владениями на полуострове управлял дука Херсона, который восстановил на Боспоре византийское правление и возобновил храм.

Вероятно, в этот период или близкое время и происходит сооружение в горной Юго-западной Таврике крупных крепостей - Эски-Кермена и Чуфут-Кале, а также более мелких опорных пунктов - Баклы, Тепе-Кермена, Каламиты.
Наличие на ряде поселений горного Крыма (Каламите и округе, Чилтер-Мармаре, Чилтер-Кобе, Мангупе, Эски-Кермене, Чуфут-Кале, Качи-Кальоне, Тепе-Кермене, Бакле) вырубленных в скале пещерных сооружений, датируемых в основном ХI-ХV вв., позволило исследователям выделить их в особую группу памятников - так называемые "пещерные города".
Вероятно во всех новых крепостях возводились храмы, для вовлечения местного населения в лоно христианства и, следовательно, для более тесной "привязки" к Империи.
Раннесредневековые базилики известны на Мангупе и Эски-Кермене. С большой долей вероятности существование их можно предполагать и на территории других византийских крепостей.

О влиянии христианства на местное население свидетельствует изучение погребального обряда. В могильниках этого времени хоть и производят захоронения по языческому обряду - в склепах, но также были широко распространены различные христианские символы на перстнях и амулетах, а над могилами устанавливались христианские надгробия.
После относительной стабилизации и победоносных военных походов, совершенных византийцами в VI в., в VII в. в империи наступает упадок.